Een grote variatie van fuga’s staat in de WTK. Voor wat betreft de structuur is het belangrijk onderscheid te maken tussen stukken in de volgende categorieën:
A. Omkerend contrapunt (thema en contrasubject(en))
B. Alleen thema met contrasubject combinatie met zich zelf
C. Alleen thema zonder vaste combinatie
Een fuga die gebaseerd is op omkerend contrapunt met een vaste combinatie door het hele stuk heen heeft een vrij consistente structuur. De combinatie van thema en contrasubject legt het stuk al voor een belangrijk gedeelte vast. Duidelijke voorbeelden hiervan zijn fuga 2, 3, 7, 9,10, 12, 14, 16 en 24. Er zijn ook stukken waarin dit minder doorgevoerd gebeurd zoals in fuga 15. Bij de toepassing van omkerend contrapunt kan ook nog onderscheid gemaakt worden tussen de mate van nadering van het thema en contrasubject. In de tabe l.. wordt dit beschreven met dichtste nadering, dit is een prime of octaaf.
Fuga 1 en 8 behoren in wezen ook tot de categorie omkerend contrapunt maar waarbij het thema zelf het contrasubject vormt. Vooral fuga 1 is een consistente toepassing van omkerend contrapunt met het thema zelf.
Ook is de situatie anders in de stukken waarbij vooral het thema aanwezig is, niet in combinatie met zichzelf of met een vast contrasubject zoals in fuga 17, 19, 20 en 22. Opmerkelijk is dat daarin juist octaven prominent aanwezig zijn.