Bach introduceerde als eerste een gelaagdheid in een thema, dat wil zeggen dat er meerdere melodielijnen zijn in één thema. Dit wordt ook wel verborgen meerstemmigheid genoemd (zie ook Brandt-Buijs). De verschillende melodielijnen hebben een verschillende rol in de relaties in het stuk.
Hieronder staan 4 voorbeelden: thema van fuga 3, fuga 10, fuga 24 en prealudium 3.
Thema en contrasubject fuga 3
Thema en contrasubject fuga 10
Thema en contrasubject fuga 24
Thema praeludium 3