Interessant en diepgaander is de analyse van de samenstelling van het thema en contrasubject, met andere woorden de kenmerken van de combinatie van beiden. Joseph Fux heeft in Gradus ad Parnassum regels beschreven voor counterpoint. Deze theorie is gebaseerd op het werk van Palestrina en is slechts gedeeltelijk van toepassing op het werk van J.S. Bach. Bij Palestrina en Fux is de onafhankelijkheid tussen thema en contrapunt en daarmee de meerstemmigheid hoofdzaak. Aan de intervallen tussen thema en contrasubject waren strenge regels verbonden. De toegestane intervallen waren beperkt tot een prime, terts, kwint, sext of octaaf.
Bij Bach zijn naast de meerstemmigheid, de complexere harmonisatie en de chromatiek belangrijke elementen van de combinatie.
Hieronder wordt de (on)afhankelijkheid tussen thema en contrasubject in het WTK bestudeerd. Dit gebeurt door te kijken naar de verticale en horizontale relaties. Belangrijke eigenschappen zijn de begin en eindnoten, de dimensionering van de combinatie thema en contrasubject, de muzikale patronen die over het thema en contrasubject heenlopen. Het gemakkelijkst zijn deze eigenschappen te bestuderen in niet getransponeerde vorm.