In veel stukken van het WTK1 is er een hoge mate van structuur. Daarnaast zijn er duidelijke afwijkingen van de structuur, dit in tegenstelling tot de inventionen en sinfonien, die een grotere mate van eenheid en consistentie hebben. Afwijkingen van de structuur in het WTK1 zijn in veel gevallen te koppelen aan latere aanvullingen op een eerder geschreven stuk. Vroege stukken zijn over het algemeen minder gestructureerd dan latere stukken.
Het analyseren van compositie principes is in eerste instantie het beste uit te voeren op stukken die consistent zijn in hun structuur. Een fuga die gebaseerd is op omkerend contrapunt met een vaste combinatie door het hele stuk heen heeft een vrij consistente structuur. De combinatie van thema en contrapunt legt het stuk al voor een belangrijk gedeelte vast. Duidelijke voorbeelden hiervan zijn 2, 3, 7, 9,10, 12, 14, 16 en 24. Ook fuga 1 behoort ook tot de categorie omkerend contrapunt waarbij het thema zelf het contrapunt vormt. Fuga 1 is net als fuga 24 een zeer consistent stuk.
Afwijkingen van gangbare muzikale regels, zoals bij het transponeren van de inzetten de volgorde dux-comes-dux-comes (tonica-dominant-tonica-dominant) of het vermijden van directe en parallelle octaven kunnen begrepen worden als resultaat van het toepassen van structuur. Hierbij spelen spiegelingen en symmetrie een rol.
Bij de fuga’s zijn het thema en de contrasubjecten, en onderdelen daarvan de muzikale eenheden. De eigenschappen hiervan bepalen de constructie van het stuk. Belangrijke eigenschappen zijn de omvang (minimum en maximum), de aanwezigheid van een kwint of kwart ten opzichte van de beginnoot, de octaaf-, kwint- en terts-relaties tussen thema en contrasubject (en). Daarnaast is het ‘octaafpunt’ essentieel, vaak gelegen na de kwint, zoals bijvoorbeeld in fuga 1 door een kwintsprong na de kwint in het thema, gevormd met de secunde van het contrasubject. Daarnaast zijn de doorlopende motieven en muzikale eenheden, zoals chromatisch toonladders, over het thema en contrapunt heen typerende eigenschappen. In de basisvorm (niet getransponeerd) zijn deze eigenschappen eenvoudig te bepalen. De afstand tussen het thema en het contrasubject is essentieel. In de stukken ligt de dichtste nadering tussen thema en contrasubject in het midden gedeelte van het stuk. Bij omkeerbaar contrapunt in de octaaf is het interval tussen het thema en het contrapunt en de reikwijdte essentieel om de stemmen niet door elkaar te laten lopen.
Naast vorm en afstand tussen thema en contrasubjecten worden aansluitingsprincipes gebruikt zoals een aansluiting op een motief met een codetta, het gebruik van een onderdeel van een subject, een chromatische octaaf toonladder of een verticale octaaf. Veel gebruikt is de ontwikkeling via kwint-kwart-kwint-kwart sprongen met toepassing van omkeerbaar contrapunt, waardoor stappen van secundes worden gemaakt, prealudium 3 is hier een mooi voorbeeld van.De ontwikkeling door kwint-kwart-kwint-kwart sprongen wordt toegepast in losse noten maar ook met motieven, zie bijvoorbeeld ook fuga 24.
Ontwikkeling bestaat vaak uit stappen van een secunde (klein en groot). Vaak in drie punten oftewel twee stappen. De ontwikkeling bestaat uit uniforme stappen of stappen overeenkomstig een melodielijn van een subject, fuga 3 is hier een mooi voorbeeld van.
Octaven vormen een belangrijk onderdeel van de compositie en de gebruikte structuur. De octaven komen niet toevallig voor. Zij komen voor in verschillende rollen: octaven als verbinding tussen verschillende stemmen, als vaste afstand bij omkerend contrapunt (octaafpunt), als geraamte in een episode en als repeterende noot. Dit zelfde geldt voor kwinten en kwarten.
Buiten de structuur vallende noten zijn vrijwel altijd octaven die op vaste plekken in het thema worden toegepast (octaafpunt). Een voorbeeld is de fis in maat 75 van fuga 8. Verbinding tussen de stemmen wordt vaak bereikt door een octaaf bij het begin van het thema. Het octaafpunt in het thema en contrasubject bevindt zich vaak in de kwint, kwart of prime ten opzichte van de beginnoot. Ook bij andere combinaties wordt aan dit octaafpunt vastgehouden, zij vormen een soort raster over het stuk heen.