De muziek van J.S. Bach wordt als afsluiting en hoogtepunt van de barok en de polyfone muziek gezien. Vaak wordt de contrapuntische manier van componeren bekeken aan de hand van de door Fux opgeschreven muziekleer. Belangrijk is het om te realiseren dat Fux de muziekleer beschreef op basis van de muziek van Palestrina, een strikte contrapuntische compositiewijze van een eeuw voor Bach. Deze theorie is slechts gedeeltelijk van toepassing op de muziek van Bach. Bach ontwikkelde in plaats van de bass continuo een complexere vorm van harmoniseren met gebruik van melodielijnen. Hierdoor is er meer samenhang tussen melodielijnen in de muziek van Bach dan in de contrapuntische muziek uit de tijd van Palestrina. Ook de analyse van de muziek van Bach met de functionele harmonieleer van Rameau is slechts gedeeltelijk passend aangezien Rameau deze theorie ontwikkelde in dezelfde periode als waarin Bach het WTK maakte. Met andere woorden Bach bouwt niet voort op Rameau of andersom, zij hebben dezelfde beginpositie in de toen gebruikelijke muziek. Walter Piston (Piston, 1947) houdt wel rekening met de mismatch tussen de theorie van Fux en Bach en nadert een aangepaste muziektheorie die op Bach en de componisten na hem van toepassing is. Toch wordt ook dit boek, voor wat betreft de afwijkingen of karakteristieken in de muziek van Bach, niet concreet en worden deze geplaatst onder intuïtie (een voorbeeld hiervan is het gebruik van octaven door Bach)