Gangbaar is de analyse van thema’s en contrapunten of van kleinere motieven. Bij thema’s en contrasubjecten van Bach zijn daarnaast samenhangende eenheden te onderkennen die over de grens van het thema doorlopen in het contrasubject. Met andere woorden eenheden die binnen de combinatie thema en contrasubject gedefinieerd moeten worden. Het gaat hier om eenvoudige eenheden die bijvoorbeeld een octaafloopje vormen of een kwint-kwart-sprong en die worden gebruikt als verbinding tussen het ene punt naar het andere punt. Een goed voorbeeld hiervan is de constructie van fuga 1.
In fuga 1 is de expositie in het begin als bijzonder te beschouwen waarin niet tonica-dominant-tonica-dominant wordt gehanteerd maar tonica-dominant-dominant-tonica. Deze constructie kan als voortvloeisel van toepassing van techniek worden gezien waarbij de verbinding tussen de thema’s leidend is. Een vergelijkbaar stuk is bwv 943 uit ‘sechs kleine präludien’.
Bij de ontwikkeling in de stukken zijn met name octaafloopjes, muzikale eenheden met een stap van een secunde en kwint-kwart-kwint-omwentelingen toegepast.
Chromatiek is een interessant onderwerp in relatie tot het WTK. Bach streefde naar de toepassing van alle noten c.q. toonsoorten. De structuur van de stukken geeft de vrijheid om daarnaast juist chromatisch meer toe te passen. Bij het transponeren van de thema’s en contrasubject worden wel enige aanpassingen gedaan om de toonsoort duidelijk te houden (zoals de tonale beantwoording). Daarnaast ligt er een structuur van octaven en kwinten en van afhankelijke melodielijnen en doorgezette motieven over de stukken heen.